在政府采购活动中，供应商对采购程序或结果提出质疑是保障其合法权益的重要途径。然而，质疑权的行使需遵循法定程序和期限，逾期质疑函的处理涉及采购人、代理机构与监管部门的职责划分，需结合《政府采购质疑和投诉办法》《政府采购法》等法规进行法理分析。

一、逾期质疑函的法定处理原则：拒收为原则

根据《政府采购质疑和投诉办法》（财政部令第94号）第十三条，供应商须在法定质疑期内提出质疑，采购人或采购代理机构不得拒收法定质疑期内的质疑函，且须在收到后7个工作日内书面答复。反之，超过法定质疑期的质疑函，采购人或代理机构有权拒收，理由如下：

程序正义优先：质疑期是法律设定的时效性规定，旨在督促供应商及时行使权利，保障采购活动的效率与稳定性。逾期质疑将导致采购程序停滞，损害其他供应商的合法权益。

权利救济的法定边界：质疑权作为行政相对人的程序性权利，其行使需受法定条件约束。逾期未提出质疑，视为供应商放弃程序救济权利。

二、例外情形：逾期质疑事项的实体审查权移转

尽管逾期质疑函可被拒收，但若质疑事项涉及采购活动中的重大违法行为（如串通投标、虚假材料谋取中标等），且该行为可能影响中标、成交结果，供应商仍可通过以下途径寻求救济：

向监管部门控告检举：根据《政府采购法》第七十条，供应商有权向财政部门等监管机关“控告和检举”违法行为。监管部门可依职权启动监督检查，不受质疑期限限制。

采购人或代理机构的报告义务：若采购人或代理机构发现逾期质疑函涉及重大违法线索，应主动向财政部门报告，由监管部门决定是否立案调查。此举既履行了法定协助义务，也避免因拒收质疑函而掩盖违法行为。

三、拒收逾期质疑函的合规操作要点

为避免法律风险，采购人或代理机构在处理逾期质疑函时应遵循以下程序：

形式审查优先：收到质疑函时，首先核查提交时间是否在法定质疑期内（通常为知道或应知权益受损之日起7个工作日内）。

书面告知拒收理由：若逾期，应以书面形式通知供应商拒收原因（如“质疑函已超过法定质疑期，依据《政府采购质疑和投诉办法》第十三条不予受理”），并留存送达凭证。

区分“质疑”与“检举”性质：明确告知供应商，若质疑事项涉及违法行为，可依据《政府采购法》第七十条向监管部门反映，避免供应商误认为行政救济渠道完全关闭。

四、拒收与实质审查的界限：避免“以程序掩实体”

需强调的是，拒收逾期质疑函不等于对违法行为的放任。采购人或代理机构不得以“逾期”为由掩盖采购活动中的实质性违法问题。若供应商后续通过监管部门检举并查实违法行为，采购人或代理机构可能因未履行报告义务而承担责任。

五、制度设计逻辑：效率与公正的平衡

现行法规通过设定质疑期与控告检举双轨制，实现了以下价值平衡：

效率价值：通过质疑期限制，防止供应商滥用救济权干扰采购程序；

公正价值：通过控告检举机制，保障对重大违法行为的实质性审查，避免程序瑕疵掩盖实体不公。

结语

逾期质疑函的处理需严格遵循“法定质疑期内受理、逾期拒收但保留违法线索移送”的原则。采购人或代理机构在拒收时应依法履行告知义务，同时保持对重大违法行为的敏感性，确保政府采购活动在程序合法与实体公正之间实现动态平衡。