某市财政部门收到A公司的书面报告称，采购单位B学校在与其签订某项目的采购合同时，欲将违约金从招标文件规定的合同价款的3%提高至5%，A公司认为此举不合理，加重了其履约负担，违反了招标文件的实质性条款，请求财政部门对B学校进行行政纠错。B学校申辩称，编制采购需求时考虑欠周全，3%的违约金比例可能会低于中标人违约造成的损失，因此在签订合同时提高违约金比例，此举是为了维护采购人权益不受损害。

该市财政部门介入调查后认为，违约金条款在招标文件和合同中均属于实质性条款，直接关系双方核心权益，采购人不得擅自在合同中提高招标文件中规定的违约金比例。采购人B学校单方面提高违约金比例的行为，属于采购人的不合理要求，违反了《政府采购货物和服务招标投标管理办法》第七十一条关于“采购人不得向中标人提出任何不合理的要求作为签订合同的条件”的规定。财政部门责令B学校按招标文件规定的违约金比例与A公司签订合同。

无独有偶。某县财政部门收到供应商X公司的举报称，采购人Y中心公示的某项目采购合同显示，违约金由招标文件规定的“乙方每逾期一天交付的，需向甲方支付的2000元减少至1000元”，属于擅自变更招标文件的实质性条款，中标人因此将获得超出招标文件实质性条款规定的投标利益，对其他投标人不公平，请求财政部门判定该采购合同无效。Y中心申辩称，编制采购需求时考虑欠周全，每逾期一天支付2000元的违约金可能会高于中标人违约造成的损失，因此在签订合同时减少至1000元，此举是为了优化营商环境。

该县财政部门介入调查后认为，采购人Y中心在采购合同中降低违约金的行为，违反了《政府采购货物和服务招标投标管理办法》第七十一条中关于“所签订的合同不得对招标文件确定的事项和中标人投标文件作实质性修改”的规定，构成对招标文件的实质性条款的变更。财政部门裁定该采购合同中的违约金条款无效，责令采购人按招标文件违约金条款的规定，重新签订采购合同。